MES系统选型过程中应考虑的因素，应充分考虑到MES后期的集成，MES系统本身是一个分布式系统，它涉及了企业的及整个生产过程，是将其相关信息的全面集成，也实现了企业横向过程的信息集成。与此同时，MES系统通过对计划执行与物料流、设备的监控、产品质量的监督和工艺系统的跟踪和集成，实现企业各个层次之间纵向过程的集成。
目前MES系统的集成性发展面临着诸多困难，但随着应用企业、产品厂商、行业组织的共同努力，MES的集成性发展正向着良性的方向发展MES新型体系结构的发展，不断推动着集成技术与功能的完善，以及标准的统一；MES系统的集成对象已经不仅仅是直接相关的ERP、车间设备自动化系统等信息系统，现在已经开始逐渐将应用企业的更多相关的信息系统集成进来，向着企业统一的信息平台迈进，这也为集成功能的完善提供着额外的动力。然后，更多的企业将国际化、全球化列为了战略目标，全球化工厂的信息系统集成问题也相应产生，MES系统的应用与集成相应也逐渐演变为了全球化的信息系统与集成。
在MES系统与自动化系统的集成方面，目前很多企业还是过于注重技术本身，而忽视了MES系统与周边系统业务管理在功能上的协同性与业务逻辑的完整性。比如，订单全生命周期的跟踪、产品代码的统一、成本抛帐规则的建立，对应MES制造指令底层自动化系统的细化与分解等，都要求进行整体的应用逻辑设计与集成，而不仅仅是数据交换那么简单。
MES系统同车间设备自动化系统的集成，需要面对各种不同设备的系统。这就造成MES与下层系统地集成困难，虽然该标准还有待完善，但它定义了集成的惯例，为MES系统同下层系统的集成提供了依据。业务到制造标记语言规范就是该标准内容的一个执行标准。该规范定义了系统间的集成的内容、格式，使得各个系统具备了一致无歧义的标签，这样数据能够实现重复利用，使得共享程度更高。
MES系统核心服务层依然在执行既定的数据采集、产品批次追溯、谱系建立的任务，但是因为系统集成之后，通过来进行数据采集，驱动生产批次运转的MES工作流不变，MES系统的基础服务以及事务不变，通过集成接口，本次集成项目，实现了与具体型号的PLC无关性，使得MES系统获得了的高度的灵活性以及可移值性，可以说MES与PCS系统集成的成功，充分验证了企业内部异构系统间数据集成的可行性，为今后MES与底层控制系统的协同工作指引了方向，MES系统与ERP和底层控制系统之间的异构题目，使系统更具开放性、可集成性、融合的更紧密。
