从一定程度来说，二次开发也是MES上线的目的之一。MES的固化一旦成了僵化，就会成为生产制造的阻碍，这就需要进行二次开发。MES需要再次通过客户化、功能增强、功能修改、本地化和接口去满足客户特定要求。固化而不僵化，唯有将系统的定义置于灵活的需求制导引擎中，不仅开发阶段如此，维护阶段也是如此。用得好的，就保留、加强，用得不好的，就去除、完善。
不管是哪里的生产商，在引进MES前，生产企业必须做一些前期准备工作，包括介绍当前状况、当前工作流程的可行性调研。此外，企业还必须定义引进MES的目标。直到已经设定经济导向基础，相关的每位员工均已接受，才可以定制方案、选择功能并规定具体的需求。
很多企业在对MES产品和实施商选型的时候，主要考量点是需要一套成熟的、开箱即用的MES系统软件以及具备相关行业丰富经验的实施团队，并且要求能快速地进行布署，争取在第一投产时就能系统地进行生产管理和追溯，让管理人员能根据直观的报表指标指导进行生产管理，实现制品状态、投入产出和计划达成率的可视化。然而，由于急于求成却往往忽视了实际需求以及对后期的考量。
从厂商的角度来看，由于MES系统功能越来越大，MES系统软件功能需要不断升级提升，一旦用户有新的需求，厂商需要重新去定义开发，牵一发而动全身。因此厂商为了适应客户需求，需要将MES系统各个模块分开定义，把一些核心的、稳定的功能沉淀在MES平台上，而把敏捷的功能一旦客户有新的模块需求，厂商只需将该模块添加即可，用户可以自主选择合适的功能
从用户角度来说，随着企业的发展，用户需求越来越多，交付要求越来越快，而现有的功能远远不能满足现有的生产要求，随即二次开发不可避免。
效率MES系统具备丰富的扩展性和易开发性，便于二期所规划的需求扩展，尤其是具有特有的需求定制化开发的公司，可以大幅度提高实施效率。MES可以跨多个功能区域运行，例如：产品生命周期中的产品定义管理，资源调度，订单执行和调度，生产分析和整体设备效率(OEE)的停机管理，产品质量或物料追踪和跟踪。MES创建“竣工”记录，捕捉制造过程的数据，过程和结果。这对于受管制的行业尤为重要，如食品和饮料或制药行业，可能需要记录和证明流程，事件和行动。
效率拥有成熟的产品研发团队，效率的所有产品都是自主研发而来，不同产品和不同的功能模块能任意组合，完全取决于客户的需求，这种可配置性、灵活性、透明开放的大平台深受客户欢迎。同时，效率的所有产品都能够根据客户的需求进行二次开发，不绑定客户，能与客户的任意硬件进行对接，打消客户的顾虑。
