仓储的基本功能包括了物品的进出、库存、配送也是传统仓储的基本功能，物品的出入库及在库管理相结合、共同构成现代仓储的基本功能。
仓储
MES系统为了确保生产经营活动的正常进行，需要对仓储货物的收发、结存等活动进行有效的控制，对各类货物的活动状况进行分类记录，以明白准确的方式表达仓储货物在数量、品质方面的状况，以及物料目前所在的具体位置、部门、订单归属和仓储分散程度等等详细情况。
MES与ERP系统，在仓储管理上面存在着管理等级上的差别，一般来说，ERP系统能够管理到仓库当中各种类型物料的总量，以及所有物料的进出情况，但是，ERP系统没能管理到物料在仓库当中如何具体存放，也没能对物料的进出规则进行有效的管理，比如：先进先出的管理，零散物料先出的管理，等等。
MES系统恰恰弥补了ERP系统在这方面的不足，从物料进厂检验开始，追踪其入库，出库，产线使用消耗，产线剩余返仓，产线发现质量问题返回供应商等等一系列的行为和操作，为物料建立完备的历史信息档案，并提供相应的查询和管理方法，满足用户在统计和物料追溯方面的各项需求。
MES与ERP系统，在实际的运作当中，应该采用相互融合的方式进行信息的交流，从根本上来保证仓储信息的正确与及时，提高工厂在物料上面的管理水平。
MES系统当中对所有的关键物料实施条码化(Barcode)的管理，并且根据实际的操作，实时进行汇总之后，传递给ERP系统，使双方都能够清楚当前仓库的物料库存情况，线上累积情况，线上消耗情况，等等信息。另外，MES系统根据一段时间内的生产排产计划，产生物料的需求清单，并对比物料的库存情况，将物料的短缺信息报告给ERP系统，促使ERP系统能够快速的做出反应，生产物料的请购清单，保证生产的顺利进行。
物流
MES系统当中对物料的统计信息是贴近生产实际的，及时准确的，根据不同行业对物料管理的不同要求，MES系统可以将物料的相关信息，按照不同的程度共享给本公司的物流系统以及外部供应商的物流系统，使各个协作部门能够清楚的知道生产线如何安排生产，未来对物料的需求量有多少，配送的具体时间，配送的具体地点，等等。通过基层的物料需求计划，形成拉动式的生产方式和生产节奏，将各个职能部门有效的联系在一起，紧密协作，保证生产所需，大程度的实现生产配套信息化。
