复杂离散制造过程的部分定义包括“变化”。工程师订购需要很长时间生产并且具有复杂性质的产品，如战斗机或卫星，在整个生产过程中经历频繁变化，变革管理至关重要结合技术突破只是影响过程中单元的变化的一个例子。将工程系统与制造执行系统(MES)联系起来是确保这些变更得到改进，记录并及时传达给需要了解它们的机械师的关键，还应捕获并存储客户与制造商之间的通信和迭代。
许多公司需要MES来支持可以在某些序列号或日期切入的产品修订管理。MES也可能是支持各级物料清单(BOM)组件配置代码管理所必需的。流程计划也应受版本控制，并能够交叉参考物料清单，插图和程序，MES系统可以通过影响评估工具和使用过的查询进一步帮助这种交叉引用，引导用户完成流程计划和工作订单修订。
通过使用标准操作库和标准说明文本，可以辅助工作实践的标准化和将工作指令编写到过程计划中。这些可重复使用的指令库可以进一步提高效率。他们需要提供方法来批量更新工作计划和工作单，同时保留库条目和引用它们的文档之间的交叉引用和修订控制。MES还可以为外部链接系统中尚未进行版本控制的附加文档提供文档控制功能。
将工程系统与制造系统集成的好处包括将工程设计变更正确地纳入制造过程定义，过程中的产品可以使用新的工程修订级别进行适当更新，并帮助确保“内置”配置与“内置”配置相匹配'按设计'配置。
工程变更需要快速处理，因为当延迟变更增加废品和返工时，成本可能会增加。集成系统通过删除大部分手动文书工作调查并关闭工程和制造之间的循环来加速变更过程，从而改善双向沟通。最后，集成系统还有助于提供文档，支持质量和合规性要求。
