实施MES制造执行系统可能是一项艰巨的任务，因为在许多情况下，该系统充当车间和管理层之间的桥梁，并直接介入生产过程。由于软件和实施成本较高，MES项目也可能非常昂贵。
生产公司投资于MES系统的一些主要原因是为了提高制造效率，提高质量，重要的是减少制造过程中的变化，减少导致停机和劣质产品的缺陷和事件的数量，缩短产品生产时间、改善产品质量、降低成本，可以为制造商和用户带来巨大利益。
MES制造执行系统的效益分析主要可以以下几个层面做区分：
1. 现场控制的效益方面:
(1) 减少设置(set-up)的时间;
(2) 满足管理控制上和质量承诺上的需求;
(3) 消除纸上作业和因纸上作业所产生的相关错误;
(4) 产能产出的时间减低;设备设置时间减低;
(5) 更容易对于资料作分析;
(6) 现场控制更容易;
(7) 可以用条形码控制、分类、整合产品。
(8) 上层人员对于现场的控制、沟通更容易，对于即将发生的问题和未来加工的作业监控更易;
(9) 如使用计算机的方式一样更准确的产生报表;
(10) 对于特定的操作员更容易追踪其不良品的产生;
(11) 存货控制、产品的可说明性(accountability)以及管理产能(yields)上更容易;
(12) 提高人员士气让他们对于工作感兴趣;
(13) 现场人员的训练更容易;
(14) 提高现场发生事件的可见度(visibility);
(15) 减少监督(supervision)的动作;
(16) 实时信息的取得可以使规划和排程结果有更佳效果;
(17) 使操作员有整体观，让加工顺序的信息流通于整个现场。
2. 规划制程的效益方面：
(1) 弹性的反应顾客的需求;
(2) 提供敏捷(agile)制造;
(3) 可以获得更高的销售量而不必增加成本;
(4) 快速提供生产线上插单和排程资料;
(5) 满足管理上的需求。
3. 企业上的效益:
(1) 偿还(payback)时间增长使得资金调度更有空间;
(2) 边际效益的改善;
(3) 对于帐本盈亏和产品边际利益的取得有金融/绩效上的利益。
因为MES能提供实时的监控以及将实时的信息与其他的信息系统(如生产流程规划系统等)结合，使得某些潜在的利益能够在工厂使用MES后浮现出来。效率科技MES系统能够帮助企业实现精益化生产，解决交付问题，改善物料管理，提高物料流转率，提高质量的控制能力。
