质量管理是MES中的一个核心模块，质量管理在MES中的运用，使得企业的产品质量管理提升到一个新的阶段。
在传统制造模式和质量理念的驱使和约束下，我国企业的质量管理通常仅限于质量管理部门的独立活动，质量保证体系条块分割，各部门、各环节的质量管理活动相对封闭和分散，单纯以满足产品设计规范为目标，注重质量问题的事后处理，难以实现对产品制造过程整体质量水平的控制。传统的质量保证技术与手段已难以适应现代质量保证的要求，采用MES与质量管理相结合的手段，可以优化传统质量管理所存在的问题，具体可以实现以下几个方面的优化:
1)质量信息处理及时化。
传统的产品质量数据的采集与统计多采用手工方式，效率低下，一致性差，可信度低。而现代制造企业多是进行规格多样化、个性化、技术尖端化和结构复杂化为主要特征的产品，MES为制造车间提过了小批量制造环境的统计过程技术,可以实现质量信息及时准确采集与处理，针对产品进行事前预防，降低质量事故所造成的大量人力物力财力的浪费。
(2)质量信息流动畅通化。
传统的质量信息处理过程相对孤立，数据分散、缺乏规范化，MES中的质量管理可以实现数据快速流动，信息通道畅通，可以提高质检部门与计划调度部门的及时反馈和工艺部门的及时交流,车间对质量信息的综合处理能力得到提升，同时可以对产品质量全过程进行有效控制及持续性改进。
(3)提供有效的支持系统与工具。
MES系统为质量业务流程提供保障。软件系统辅助的质量管理和流程固化的过程控制将制造质量信息同人的操作紧密联系起来，使物料进入车间加工后，可以对车间的加工质量状况进行信息追踪，并为企业计划层的质量决策提供可靠的依据，从而可以提高车间质量管理效率，有效的控制产品的不合格率。
目前我国国内制造企业的科学管理基础薄弱、资金缺乏、缺少必要的员工培训等以外，从企业信息化角度来看，主要障碍之一就是缺乏一种质量数据的组织形式和载体来有效组织和管理产品的相关质量信息，以便尽可能地利用统计分析工具和方法，来实现质量不断改善的目的。MES中质量管理模块的优势就在于运用各种统计工具(例如 SPC(Statistical Process Control),QFD( Quality FunctionDeployment)、控制图等)大大地挖掘历史质量数据中所包含的有用的可供决策的质量信息，进而识别具体的产品及过程改进机会，质量数字化管理的成功实施有赖于高质量的数据组织、管理、处理和存储。
