MES系统主要应用在流程型和离散型两个方面的工业制造领域。流程型制造行业如石油石化、化工、冶金矿业、制药和食品饮料等民生行业；离散型制造行业如汽车、机械制造和电子通信行业。
在流程型制造行业中MES系统的应用程度较高。2013年石油石化和化工行业原有自动化和信息化的程度较高，生产工艺发展，MES系统应用较早，已经进入较为成熟的应用阶段；冶金矿业由于产能过剩，行业增速放缓，MES系统增量需求疲软；民生行业的制药和食品饮料行业由于下游需求旺盛，MES系统增量需求呈现快速增长态势。
而在离散型制造行业中MES系统应用程度较低。离散型制造业过往通过ERP或者MRP进行企业管理，由于当时制造业各项成本较低，能保证企业较高的毛利水平，企业很少关注上层与下层之间的中间层管理工作。但随着人力资源和土地成本的不断增加，环境成本不断上升，市场竞争愈加激烈，大环境发生天翻地覆的改变，离散型制造业提出了柔性生产的要求。2013年国内汽车行业市场竞争加剧要求MES系统自上而下覆盖整车厂和汽车零部件厂。机械制造行业随着各项宏观政策的落地，基础设施建设加快，整个行业触底反弹，工程机械行业对MES系统的需求平稳增长。而以组装为主的劳动密集型电子通信行业，对流水线速度和品质均有较高要求，关注物料供给、产品溯源和技术工KPI绩效，MES系统在该行业应用比较普遍。随着消费电子行业持续稳定增长，MES系统在该行业的应用也呈现出快速增长态势。
但随着人们对MES系统认识的逐步加深，MES系统在企业中的应用必将会逐步深入，随着流程企业信息化应用的不断深入，生产管理系统的需求将越来越广泛，在中国企业的应用也将更加广泛。在流程行业，将从延伸到其它行业;在离散行业，生产管理系统将在行业得到广泛应用。
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