制造企业在推进智能制造的过程中，MES主要是解决的车间层面的管理问题，而在解决问题的过程中我们还会面临很多问题。
第一，传统制造企业的装备不具备数字化接口的问题，要想实现智能制造，设备系统之间必须能够对话、互相了解信息。如果企业设备没有任何跟外部交互的能力就会带来很大的问题。所以企业上线MES面临的第一个问题就是传统装备的升级换代或者数字化改造，只有实现这一步传统的装备在与MES对接的时候，就能接收到管理系统的指令，也能把设备状态返回到管理系统。
第二，MES是中间衔接过程的软件，是管理跟制造的一个结合点，所以会面临集成的问题。那么MES要与企业的管理系统、ERP系统相集成，然后MES与PDM系统的机床能接触到企业的生产订单，在车间内部排产，将车间内部开展的一些关键工序的完工情况、质量情况的回传到ERP系统。很多企业会把MES跟车间的现场管理结合起来，所以说精益生产，其中也会涉及到PDM系统里面的物料。企业的生产组织模式，由以前的推式生产，然后提升为拉式生产，这样的话就需要一些物料信息也跟MES系统结合起来，所以信息系统的提升问题也是一个很大的难点。
第三，MES系统本身不是一个很规范很标准的系统，要根据企业的情况、车间的情况进行高度的定制，所以MES实际上是一个高度定制化的软件，并且与相关设备的集成也是高度定制化。根据企业的实际应用情况，目前国内MES市场还处于良莠不齐的状态，软件本身功能可能还有一些缺陷，所以有的企业实施完以后看不到效果，或者提升不大，也可能会更麻烦。对于企业来讲，如果MES没有实施好的话，有可能会把老的生产管理模式，包括一些传统的陈旧的落后的生产管理模式固化到MES系统里面，这样的话只会让企业更为混乱，甚至最后可能会引起企业生产效率更为低下、工人制造过程更复杂的问题，所以MES本身的实施也充满各种挑战。
