MES系统整个调度仿真系统的流程侧线流向和连接关系等完全按照构建。两个生产方案下各装置的进料端的配料比例和出料端的侧线产率的标定配置。MES系统需要指出的是，给出的进料比例或产品产率是标定配置，在实际生产时由于进料比例是可以通过流量控制系统实现按计划稳定执行的，因此标定比例即仿真时实际进料比例，而实际生产时产品产率并不能完全控制，会有波动，因此在仿真时实际产率是标定产率和随机量的综合结果，这些随机量是人为按一定的分布加人的。
MES系统在进行仿真前，除了配置流程、标定生产方案和罐上下限，还需要给定生产安排,也就是各个周期的生产方案和各装置的加工量。MES系统然后仿真系统就可以根据前面所述的空余罐优先收料和充足罐优先付料原则自动进行滚动仿真。而生产安排的给定是根据下面不同的实验目的来设计的。在建立炼油厂调度仿真模型的基础上，通过设计不同的仿真条件对其所产生的大量生产数据分析的基础上，评估了上层供应链优化层所需生产模型的参数。
MES系统装置的加工能力和罐的库存能力是受约束的，其能力约束见。原料罐和成品油组分罐由于是仿真模型的边界条件，只出不人或者只人不出，因此只考虑它们的每个周期的付出或接收量，而不考虑其实际库存变化，因此不是实际物理罐，不用考虑其库存能力。
MES系统利用均值极差统计控制图来判断标定产率是否平稳，并且还用它来跟踪标定产率的迁移，实验表明简单的均值极差统计控制图能够很好地完成这一功能，MES系统对于产率的异常波动能够迅速捕捉到。对产率波动概率分布假设的参数求取和检验假设的方法，只有通过/拟合检验的对产率不确定性进行描述的概率分布模型才能被用于上层的计划模型的随机规划中。
MES系统随着生产设备的折旧或者原油批次的属性微变，产品产率可能会发生结构性的变化。因此需要比较及时地跟踪产率的变化，MES系统分析原因并且调整供应链和调度优化模型中的生产模型，以反映新的生产状况。假定认可了刚才的数据为正常状态下的数据，那么就可以用它来监控和跟踪产率的变化了。
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